Het is mij nog niet duidelijk wat je gebruikt als sources voor Firefox.
Als je alleen de bronnen van Ubuntu gebruikt, is er volgens mij geen probleem met Firefox.
Alleen dan als je Firefox van andere bronnen installeert, dan kunnen er problemen ontstaan.
Dat zou er moeten staanapt-cache policy firefox
firefox:
Geïnstalleerd: 3.5.7+nobinonly-0ubuntu0.9.10.1
Kandidaat: 3.5.7+nobinonly-0ubuntu0.9.10.1
Als je een Ubuntu- of Debian-versie hebt geïnstalleerd, dan kan Firefox namelijk niet zelf updaten.
De functie om zichzelf te updaten (bewerken->voorkeuren->geavanceerd->update) toont namelijk alleen de add-ons en de zoekmachines als beschikbare mogelijkheden.
Als je daar in staat zou zijn om Firefox zelf te updaten, dan gebruik je een Firefox-versie uit een andere bron. Kan je hier de inhoud van je bestand /etc/apt/sources.list laten zien?
De opdracht autoclean verwijdert alleen pakketten die (gedownload) in je cache staan en vanuit de gebruikte bronnen niet meer beschikbaar zijn.
Voor Firefox kan het dus zijn dat je net op het moment van 3.5.6 een update hebt ontvangen en (een dag later) weer een nieuwe versie beschikbaar was nl. 3.5.7. Die 2 versies kwamen heel snel achter elkaar. Als je tussentijds geen apt-get update hebt uitgevoerd (of actualiseren in "Updatebeheer"), dan worden delen van verschillende versies misschien door elkaar geïnstalleerd.
Zodra je kiest voor "controleren" in updatebeheer, worden de laatste versies van alle pakketten opgevraagd en dan gaat het volgens mij "altijd" goed.