Volgens mij denk je nu dat root een programma is. Dat is het niet, het is de systeembeheerder. Een soort van Administrator-achtige account, zoals je van Windows gewend bent.
Als je de bestandsbrowser van GNOME, Nautilus, als root start, dan heb je inderdaad een grafische manier om als root bestanden te beheren. gksu nautilus dus. gksu doet hetzelfde als sudo, alleen is het geoptimaliseerd voor grafische programma's. Het heeft een fancy wachtwoordvenster enzo, maar leunt op dezelfde sudo.