Met apt-get clean haal je de "cache" weg. Dat zijn de installatiebestanden van de pakketten die je hebt geïnstalleerd.
Die zijn alleen bedoeld om ze snel weer opnieuw te installeren, zodat ze niet meer gedownload hoeven te worden.
Dat is dus zonder gevaar.
Met apt-get autoremove haal je alle pakketten weg die niet als een afhankelijkheid (dependency) zijn gemarkeerd van andere pakketten. Hiermee moet je wel oppassen, omdat je dan wel pakketten verwijdert. Het is mogelijk dat enkele multimedia pakketten bijvoorbeeld verwijderd worden.
Hoe heb je Virtualbox geïnstalleerd? Voor zover ik weet heeft de gesloten versie alleen pakketten voor Ubuntu, dus die kan je gewoon via Synaptic of apt-get verwijderen:
sudo apt-get remove virtualbox
Of heb je misschien VMware geïnstalleerd? Dat gaat wel via de console volgens mij...
