Indien je die schijf kan benaderen zoals een standaard share, kan je een syncronisatie met Unison of rsync werkende krijgen. Unison heb ik al gebruikt om 2 interne schijven te syncen, maar het kan ook perfect overweg met remote systemen. Volgens mij moet via FTP ook wel lukken.
Unison is trouwens gewoon via Synaptic te installeren