En als je in de terminal naar die mappen navigeert, zie je dan de bestanden ?
cd Documents/Websites
ls -alDat zijn twee kleine L's in die laatste regel. Met de optie -al krijg je ook de verborgen bestanden te zien (a=all) en alle informatie over eigenaar en zo (l=long). Als je ze hier wel ziet, is er een fout in je bestandsbladeraar. Zie je ze hier nog niet, dan is er iets nog veel erger aan de hand...
Chmodden naar 777 is alleen een "goed" idee als je echt de enige gebruiker bent van die PC... Bovendien lijkt het me problemen te zullen geven, want al je bestanden worden plots uitvoerbaar... Wacht op het advies van een specialist... !
Edit: tikfout in eerste commando: als je in je eigen map bent, kun je het zo doen als het nu is. Weet je niet meer waar je bent, gebruik dan de variant van Vanadium hieronder...

Wil je graag veel typen, doe dan cd /home/jouwnaam/Documents/Websites