Dag Roeland,
Een backup van je bestanden (je /home dus) is altijd handig. Er kan dan bijna niets fout gaan

Hoe ziet je harde schijf eruit? Heb je een aparte partitie met je /home?
- Zo ja: installeer de nieuwe versie gewoon in de partitie waar je oude versie staat (dat is de partitie die / heet). Dit zul je, denk ik, handmatig aan moeten geven. Je andere partities blijven dan ongemoeid. Verder moet je tijdens die installatie dan wel opgeven, waar /home zich bevind. Na de installatie is dan alles weer zoals het was, alleen dan met de nieuwe versie van Ubuntu!
- Zo nee: Overschrijf de oude installatie van Ubuntu (handmatig, zou ik doen). Binnen de / map staat ergens de /home. In die map kun je dan je backup weer terugzetten.
Kortom:
Kies voor handmatig indelen, zodra Ubuntu je keuze geeft. Je weet dan zeker, dat de installatie je Windows niet overschrijft.
Succes!