Het gaat hier niet om de eigenlijke /home/$USER map, maar om een snelkoppeling (of starter, of wat is de correcte naam). Dergelijke starters zou je zonder problemen moeten kunnen noemen zoals je wil. Post eens het resultaat van
ls -l ~/Desktop
dan kunnen we zien om welk soort bestand het gaat en wat de huidige permissies zijn, en wellicht verklaren waarom je het niet kunt hernoemen.