Als het je te doen is om het uitknippen of verplaatsen van pagina's in een pdf, voor het aan elkaar plakken van meerdere pdf's met meerdere pagina's, heb ik goede ervaringen met PDFsam. Dat bestaat voor zowel Linux als windows en ik beide gevallen werkt dat goed.
Voor het inhoudelijke aanpassen zal je iets anders moeten gebruiken (maar principieel vind ik het geen goed idee om zelf een pdf aan te passen, aangezien het juist de bedoeling is/was van pdf om een soort afdruk te zijn zónder mogelijkheid om te wijzigen).
En als het over notities maken betreft op een bestaande pdf, gebruik ik (in Kubuntu) Okular. Ik merk wél dat er soms moeilijkheden zijn voor de ontvangers van mijn Okular-gemaakte pdf's, want Windows-gebruikers zien die opmerkingen soms anders (of zelfs niet). Voor gedeelde documenten (als in: gedeeld tussen windows en linux) is het dus een beetje tricky. Een optie is om je in Okular becommentarieerde pdf tóch vlot door te geven is ... een (pdf-)afdruk te maken vanuit Linux en deze door te sturen naar je windows-vriend (of vijand).