In Thunderbird worden mailberichten van een folder in Thunderbird opgeslagen in één mbox bestand. Dat zijn bestanden zonder extensie. Bestanden met dezelfde naam maar met de .msf extensie zijn indexbestanden. Die bestanden bevinden zich onder de directory "Mail" voor wat betreft lokaal opgeslagen mail, onder "ImapMail" voor mail gesynchroniseerd met IMAP mail servers.
mbox bestanden zijn essentieel tekstbestanden. Wanneer je een bericht wist, dan verdwijnt het gewiste bericht niet meteen uit dat mbox bestand. Het bericht wordt enkel als "gewist" gemarkeerd, en wordt in Thunderbird niet meer getoond. Het bericht wordt wel overgeschreven naar het Trash mbox bestand. Als de Trash wordt geledigd, dan wordt ook in dat bestand het bericht als gewist gemarkeerd.
Dat zorgt ervoor dat die mbox bestanden alleen maar groeien. Daarom zal Thunderbird nu en dan het bestand comprimeren. Dan worden alle berichten overgekopieerd naar een nieuw mbox bestand, behalve de berichten die gewist zijn. Het oorspronkelijke mbox bestand wordt gewist, en het nieuwe neemt zijn plaats. Op dat moment zijn de gewiste bestanden ook fysiek weg.
Recent gewiste berichten kan je recupereren in de mbox bestanden. De kans dat er nog berichten zouden zijn die drie jaar geleden werden gewist, is klein.
