Blijkbaar is jouw probleem met sbackup is dat deze bestanden via ftp niet aan kan.
Waarom dan niet eerst deze bestanden locaal halen (bijvoorbeeld met sitecopy) en daarna met sbackup deze file backuppen?
Andere vraag: heb jij de bestanden voor jouw websites dan al niet locaal staan? De gebruikelijke werkwijze (doe ik zelf ook) is om locaal bestanden aan te passen, dus te ontwikkelen en daarna te syncen naar de website via bijvoorbeeld (weer) sitecopy.