Had je een echte dualboot gemaakt ??
Of had je Ubuntu via "Wubi" geinstalleerd in windows ??
Download de Gparted live-cd eens en bekijk dan rustig de partities op de HDtjes.
http://gparted.sourceforge.net/Ik zit zelf namelijk behoorlijk te twijfelen aan je verhaal, omdat het niet helemaal klopt. (ligt niet aan jouw )
Kijk als jij een HD partitioneerd staan deze gegevens in de MBR van die HD.
Dus bij 2 HDtjes verschillende partities maken staat er in de MBR van iedere HD omschreven hoe die partities zijn ingedeeld.
Zolang jij die MBR niet veranderd zullen de partities ook niet veranderen.
Nu heb je op HD 1 window opnieuw geinstalleerd en dus is op die HD de partitie veranderd.
Hier doe je nix aan en geeft ook niet.
Echter?
Als je Ubuntu als dualboot geinstalleerd hebt dan is indertijd de MBR verandert in die 1e HD omdat je als eerste naar Grub moet gaan omdat dit de bootlader is.
Via Grub start je dan of window of Ubuntu op.
Nu is Grub verdwenen lijkt me omdat window die MBR overschreven heeft.
Jij krijgt nu dus geen grub meer om te kiezen of je Ubuntu of window wilt booten, duidelijk.
Dus zou je met "Supergrub" of met de Ubuntu live-cd dit weer kunnen herstellen.
ander scenario:
Indien je op die 1e HD de partitie's verandert hebt en je ziet Grub nog wel zou de UUID door elkaar liggen en kan je daarom niet meer van de juiste partitie's opstarten, omdat daar waar de bootlader staat van Ubuntu en window nu een verkeerd nummer hebben.
tot hier zou je nog steeds volgens de oude situatie met herstellen de pc weer net zo hebben als eerst.
Dus snap nog steeds niet hoe alle partitie's op die 2e HD weg kunnen zijn.
Dit kan ook niet, vermits je de MBR van die 2e HD ook verandert hebt.
Of je window installatie is zo vriendelijk geweest dit te doen.
In dat geval zou je moeten kijken of je die MBR van die 2e HD kan herstellen.
Maar ik zou eerst alles eens rustig bekijken met de Gparted Live-cd.
Eventueel die 1e HD met window afkoppelen van de IDE kabel.
En maar hopen dat je die MBR nog kan herstellen..