Heb je ubuntu op dezelfde schijf als je MBR staan? Ofwel, staat in je BIOS dat je van disk 1 opstart terwijl op disk 2 ubuntu staat?
Zo niet, wat je kunt doen, is dan in ubuntu zelf grub installeren in de mbr van disk 2 (even ervan uitgaand dat daar ubuntu op staat). Dus stel, je start nu op van schijf A (/dev/sda), maar ubuntu staat op schijf B (/dev/sdb), installeer grub dan op die 2e: sudo grub-install /dev/sdb
Zet dan in je bios dat je systeem opstart van schijf 2 (!) en als het goed is, merk je echt een enorm verschil! Ik liep daar zelf ook al eens tegenaan (heb het als tip hier een keer gepost)...