Ik geloof dat sommige Linux-en het BIOS niet eens gebruiken om harde schijf informatie te lezen (ivm. allerlei BIOS beperkingen voorheen en sneller booten), dus het zou kunnen dat de schijf niet zichtbaar is in BIOS maar wel in Ubuntu.
Echter, waarom boot-ie niet? Je zou eens kunnen proberen om grub opnieuw de MBR te laten schrijven (effe zoeken in dir forum), anders is ook handig: LiveCD opstarten en dan:
sudo umount /dev/hda1
sudo fsck -y /dev/hda1
Waarbij je voor hda1 mogelijk de juiste partitie moet invullen.