Defragmenteren is in ubuntu normaal niet nodig. Maar als je op de schijf onvoldoende vrije ruimte hebt, dan kan er natuurlijk wel fragmentatie optreden. Hoeveel percent vrije ruimte heb je?
Het commando iotop, geeft de processen die momenteel op de harde schijf lezen/schrijven. Is voor deze vraag misschien iets beter dan top.