Mijn vermoeden is dus dat het met die versleuteling van de hele HD te maken heeft.
Heel juist. Je ganse systeempartitie wordt versleuteld. Er wordt een aparte kleine /boot partitie aangemaakt, die gemakkelijk na enkele kernelupdates vol loopt (Ubuntu laat immers oude kernels staan). Eens je schijf veel te vol staat, lukt het helaas niet meer met de "veilige" commando's om plaats vrij te maken.
Inspireer je misschien
hierop, en wis enkele oude kernels manueel:
1) Oplijsten van oude kernels
sudo dpkg --list 'linux-image*'|awk '{ if ($1=="ii") print $2}'|grep -v `uname -r`
2) Wis enkele van je oudste kernels manueel (buiten het pakketsysteem om)
sudo rm -rf /boot/linux-image-3.19.0-25-generic /boot/linux-image-extra-3.19.0-25-generic
Vervang hierbij de cijfers door de versienummers die je ziet onder 1), en neem de laagste cijfers (en zeker niet de laatste versie, want die ben je aan het gebruiken.)
Doe dit voor één of twee oude kernels: hierbij maak je al wat plaats vrij zodat de commando's voor pakketbeheer weer kunnen werken.
3) Herstel de schade aan pakketbeheer
sudo apt-get -f install
4) Verwijder nu veilig eventueel overblijvende oude kernels
sudo apt-get autoremove
5) Breng de bootloader "grub" op de hoogte van je ingrepen:
sudo update-grub
6) Kijk eens of alles nu OK is: er mogen geen foutmeldingen zijn.
sudo apt-get update
Voer na iedere kernelupdate na het heropstarten een "sudo apt autoremove" uit om oude kernels te verwijderen. Dit commando laat steeds een voorlaatste kernel staan.