@dennus
Al die .mappen waar je aan twijfelt mag je gewoon verwijderen. In het ergste geval ben je enkele instellingen kwijt maar dan haal je die gewoon uit de prullenmand.
Verwijderde bestanden van niet verwijderbare media (harde schijven) worden volgens mij in je home-map bijgehouden. Die van een USB-stick bijvoorbeeld op de USB-stick zelf. Dat zijn keuzes die Gnome gemaakt heeft en die wat rare resultaten geeft maar er zit een logica achter.
Trouwens, een prullenmand, undeleten, het zinnetje "Ben je zeker?" die bestaan eigenlijk niet in linux. Mijn informatica-leraar zei altijd "Linux (en Unix) zijn gemaakt voor slimme mensen." Als je hem zegt "sudo rm -r /bin" dan gaat linux u niet lastig vallen met domme vragen als "Ben je zeker?". En dan komt de critiek: "Maar als je een type-fout maakt?". Antwoord: "Gebruik de TAB-functie in de terminal, dan krijg je geen type-fouten." Of nog beter: "Als je computer een fout maakt, dan zou je hem bij wijze van spreken uit het raam gooien van koleire! Is het dan eerlijk om zelf domme fouten te mogen maken?"