Je eerste zin van de vraagstelling is een beetje verwarrend.
E.e.a. hangt af van het ZIP-bestand zelf. Als daarin een mappenstructuur is gemaakt, wordt die bij het uitpakken overgenomen. Verder is het volgens mij zo dat standaard een map wordt aangemaakt met de naam van het ZIP-bestand.
Als je de bestanden direct in de map wilt laten uitpakken, dan moet je het ZIP-bestand openen en door het ZIP-programma (bij mij file-roller = Archive Manager 3.10.2.1) laten uitpakken. Daarbij kan je de Archive Manager opdracht geven dat geen rekening gehouden moet worden met de structuur - het wordt dan direct in de map van het ZIP-bestand uitgepakt.