In 20.04 worden iconen op de desktop niet meer door bestandsbeheer (nautilus), maar door een Gnome Shell extensie geregeld. Bij jou moet er daarmee iets verkeerd zijn, want als je een folder aanmaakt in de folder "Bureaublad", dan moet die te zien zijn op je bureaublad. Dat kan een gevolg zijn van de upgrade.
In Ubuntu 21.04 wordt standaard een iets meer geavanceerd extensie gebruikt, die "geforked" is van de originele extentie. Het betreft Desktop Icons NG. Ik zou je bestaande extensie eens verwijderen:
sudo apt remove gnome-shell-extension-desktop-icons
en daarna de
Desktop Icons NG van de Gnome Extensions website te installeren. Wellicht werken je desktop iconen dan wel weer, en algemeen ook beter dan met de (werkende) standaard extensie van 20.04.