En als je dat doet via Nautilus en dan Bestand, Verbinden met server...?
Heb het net uitgeprobeerd met Deja Dup (neem aan dat je die gebruikt, het is het standaard backup-programma) en het werkt met een Windows-share.
EDIT.
Zie in je beginpost dat je de volgende map hebt:
Map /home/xxx
Let op: hier wordt bedoeld de map op de machine waar de Windows-share op draait en NIET de map die je wilt backuppen. De map /home/xxx lijkt me dan ook niet correct.
Maar probeer eerste het bovenstaande eens uit (Verbinden met server), want die gegevens heb je exact hetzelfde naodig bij je backup-programma.