Probeer eens met een livecd, oude versie of nieuwere.
Met een ubuntu versie had ik ook zoiets.
Met schijfbeheer(disk utilty), als ik een bewerking deed, moest je extra lang wachten, dan pas verder gaan met de volgende handeling(wissen en formatteren, etc.). Op het scherm leek of je verder kon, maar je moest langer wachten, indien je te snel door ging kreeg je storing.
Kijk ook eens bij de firma van de stick, meestal hebben die speciale software om je extra partitie te verwijderen.
Met gparted of schijfbeheer kan dit niet.