The magic touch of Linux! Ik vermoed dat dat te maken heeft met een "rotatievlag", een kleine instructie in een mp4 bestand die aangeeft wat de orientatie van de video is. Via die vlag weten mobiele telefoons hoe ze zo een bestandje moeten afspelen. Mijn vermoeden is dat mplayer deze rotatievlag in dat videobestand bijwerkt als je een video "draait". Zo blijft de instelling behouden de volgende keer dat je met mplayer afspeelt, of met een andere player die ook die rotatievlag ondersteunt, zoals VLC en blijkbaar ook de afspeelsoftware op Windows.
Best mogelijke oplossing, want zo heb je geen spatje kwaliteitsverlies bij het draaien.