Bij een schone installatie, wordt alles overgeschreven. Tenzij je je home-map op een aparte partitie hebt staan én je handig genoeg bent om de juiste instellingen te kiezen bij de installatie van 12.04 vanaf de LiveCD.
Uiteraard heb je na een schone installatie de systeembestanden niet meer nodig. Dus een backup van je home-map is al meer dan je perse nodig hebt. Neem je een back-up van je hele home-map, dan behoudt je ook de meeste instellingen. Je kunt ook alleen je belangrijke bestanden backuppen, maar dan zijn wel al je instellingen (van je programma's als firefox) verdwenen.
Je belangrijke bestanden zijn dan de bestanden waar je in werkt. Jouw eigen bestanden. OpenOffice-bestanden, pdf-bestanden, enz, enz.