Zoals Vanadium al uitlegde, POP3 is inmiddels een verouderd protocol. POP3 download de e-mails van de server af waarna ze vervolgens verwijderd worden op de server. IMAP daarentegen leest de e-mail op de server, in plaats van dat deze gedownload wordt.
Daarom raad ik ook iedereen aan om via IMAP te werken, om o.a. zulke verwarringen te voorkomen. IMAP vind ik overigens ook fijner omdat ik bijvoorbeeld m'n e-mail online, 'offline' en op mijn telefoon lees. Met POP3 zou dat betekenen dat óf alle mail moet ik in elke client (online, thunderbird, mobiel) als 'gelezen' markeren, of ik kan de mail maar één keer binnen krijgen. Als dit dan toevallig op mijn telefoon is terwijl ik er een bestand van mijn computer bij wil plakken is dat lastig.