Ik heb ook 2 harde schijven. Meestal gebruik ik alleen de Ubuntu schijf en dan wordt de andere HD op stand by (spin down) gezet, dan verbruikt die iets van < 1 W, het is heel weinig, minder dan idle.
Dat kun je doen met hdparm.
Je moet dan in de file /etc/rc.local een regel toevoegen:
hdparm -S 24 /dev/sdb (als je tenminste sdb op spin down wilt zetten natuurlijk, anders moet je hier sda invullen)
Dit betekent dat de HD na 24x10s geloof ik, dus 4 min na het opstarten op stand by (spindown) wordt gezet en blijft (tenzij je hem aanspreekt).
Dit kun je dan weer in de terminal controleren:
sudo hdparm -C /dev/sdb
In de terminal op spin down zetten:
sudo hdparm -Y /dev/sdb
dan weet je zeker dat ie vrijwel niks meer verbruikt, geen geluid produceert, en ook niet slijt.