Hé Robbert, welke runlevel precies wat doet weet ik zo snel niet, kun je snel vinden met Google. 5 is in ieder geval de grafische omgeving (X11), 3 is de tekstomgeving om het maar zo banaal te stellen. De andere runlevels verschillen per distro nog wel eens. Er zit er een tussen waarin je systeem gaat als de boel wordt afgesloten, 0 of 1 of 6, weet ik zo snel niet.
Wat het rc-update commando in Ubuntu is weet ik niet. Het enige wat dat commando doet volgens mij is een symlink aanmaken in de directory van de juiste runlevel met daarvoor SXX waarbij XX staat voor wanneer het init script gestart moet worden. Ik doe dat zelf handmatig.
Waar wil je een init script voor aanmaken?