Nooit meegemaakt dat een ntfs partitie het systeem zo vertraagt. Op zich zou het werken met een ntfs partitie op een interne schijf geen probleem mogen zijn. Je mag dat evenwel alleen doen als je ook nog Windows op die computer staan hebt: om een ntfs partitie nu en dan eens te controleren en te herstellen, heb je namelijk Windows nodig. Misschien heeft die vertraging te maken met een probleem op het bestandssysteem, hoewel ik denk dat linux in dat geval een ntfs-partitie helemaal niet zal aankoppelen.
Probeer alvast of een schijfcontrole van die partitie met Windows helpt. Staat er geen Windows op je computer, zet dan inderdaad die partitie om naar ext4. Aangezien het een interne partitie is, koppel je die best ook volautomatisch aan zoals de systeempartitie via /etc/fstab.