Ik weet niet of je dit "problemen" kan noemen: het is hoe gnome werkt. Als je bestanden wist met nautilus, dan worden die naar een directory .Trash verplaatst, zodat je, als je je bedenkt, het bestand kunt recupereren. KDE heeft dan weer wellicht zijn eigen systeem. De commando prompt, de bash shell, heeft geen veiligheidsvoorziening: als je daar wist (rm), dan ben je het meteen kwijt, voorgoed.
Ik zou er niet van wakker liggen van die .trash en die gewoon aten staan: zal niet storen. Als je de gewiste items echt wil verwijderen, dan moet je inderdaad de extra moeite doen de trash te ledigen.
Alternatief kan je eraan denken (houd een risico in als het een automatisme wordt) om items op je verwijderbare schijven direct definitief te verwijderen met Shift+del. Bovendien kan je in het rechtsklikmenu en het edit menu ook een "Delete" commando laten opnemen, naast "Move to trash" (zie nautilus voorkeuren), zodat je rechtstreeks kan kiezen voor definitief wissen.
