Wellicht, ik ga me er niet meer in verdiepen. Al denk ik niet dat het een probleem was van het bootscript oid, maar een instelling binnen Xubuntu die bleef hangen/verkeerd was komen te staan. Zelf na het opnieuw installeren van Xubuntu, terwijl ik vergeten was de "/" te formateren werkte muis en toetsenbord niet. Terwijl bij de live CD en in de win2000 opstart alles wel gewoon werkte.
Nu maar weer bezig alles opnieuw te installeren en in te stellen dus. Niet echt fijn.