Ik weet niet hoe groot je SSD is, maar wat ik hier gedaan heb is de installatie volledig op de SSD en dan zorgen dat de HDD permanent aangekoppeld is (regelen via fstab). Daarna met symbolische links verwijzen naar Afbeelding, Documenten, Downloads, etc van SSD naar HDD.
Het voordeel hiervan is dat je alleen je data op de HDD hebt staan en niet ook alle config files die onzichtbaar zijn in /home. Dit is vooral handig met een herinstallatie of opwaardering, vaak wil je dan de oude instellingen juist niet bewaren.