Als jij de enige gebruiker bent van de computer, dan zou ik het eenvoudig ergens in je home folder laten staan.
Om het in je menu te laten verschijnen, zal je een .desktop bestandje zelf moeten aanmaken in de (verborgen) folder .local/share/applications (ik vermoed dat dit op dat punt onder Xubuntu net zo werkt als onder standaard Ubuntu met de Unity of the gnome desktop). Zo een bestandje heeft volgende inhoud:
[Desktop Entry]
Name=<Naam die je in het menu wil zien>
Exec=<path naar het uitvoerbare bestand>
Icon=<path naar icoon>
Terminal=false
Type=Application
Categories=Office;
In principe kan je dergelijke programmafolders inderdaad verplaatsen naar de systeembestanden, zodat alle gebruikers het programma kunnen gebruiken. Typisch wordt hier /opt voor gebruikt. In /usr/bin wordt dan een symbolische link naar het uitvoerbare bestand gelegd, zodat het programma zonder meer vanuit de terminal kan opgestart worden. Systeembrede .desktop bestanden komen terecht in /usr/share/applications.