X is de software die voor de grafische schermaansturing zorgt, en je zo toelaat programma's met een grafische interface te draaien. Unity is maar één van de mogelijke desktopomgevingen, naast Gnome Shell, Cinnamon, Mate, ..., die uiteraard ook slechts kunnen draaien als X opgestart is.
Je kan de fout die je hebt moeilijk zomaar krijgen: als we niet te maken hebben met een falende harde schijf, dan moét dat een gevolg zijn van een systeemingreep (van jou, iets handmatig geïnstalleerd? iets uit onbetrouwbare pakketbronnen geïnstalleerd?).
Meer chirurgisch ingrijpen op systeemniveau is natuurlijk spannend en uitdagend voor de linux enthousiast. Ik wens je veel plezier, maar dit gaat alvast mijn petje te boven. Als gevorderde eindgebruiker zou ik het enkel houden bij een herinstallatie.