Bij Bewerken --> Accountinstellingen --> Serverinstellingen staat de actie die Thunderbird onderneemt als je een bericht verwijdert.
Gebruik je IMAP, staat standaard (althans hier) dat het bericht wordt verplaatst naar de map 'Prullenbak'. Staat het bericht nog in deze map?
Gebruik je nog het ouderwetse POP, dan is deze mogelijkheid helaas niet aanwezig. Wel heb je dan (in hetzelfde scherm) de mogelijkheid berichten achter te laten op de server. Ik heb niet paraat hoe je Thunderbird achtergelaten berichten opnieuw kan laten ontvangen (opnieuw het POP account aanmaken kan werken maar is geen 'fijne' manier).