Probeer de map ~/.mkvtoolnix of ~/.config/mkvtoolnix te hernoemen (naar bijvoorbeeld ~/.mkvtoolnixbackup), hier staan al je instellingen in. (Let wel op: deze map heet mogelijk niet mkvtoolnix, maar je moet in ieder geval de map van het programma hebben.
Als dit niet werkt nogmaals herinstalleren via de terminal met: sudo apt-get purge mkvtoolnix
en daarna: sudo apt-get install mkvtoolnix
Hier opnieuw: ik weet niet hoe het programma echt heet maar 'mkvtoolnix' moet in ieder geval het pakket van mkv zijn.