Ik denk niet dat het in de praktijk veel verschil zal maken. Het verschil lijkt misschien groot bij een lege partitie, maar dat verschil verdwijnt waarschijnlijk zodra je er daadwerkelijk bestanden op gaat zetten, omdat ext4 geen fragmentatie kent.
Daarnaast is ext4 beter beveiligd tegen bestandscorruptie dan ntfs (bijv als de pc crasht of uitvalt, of bij stroomuitval), en ondersteund ext4 meer permissies op bestanden, waardoor het nieteens mogelijk is om ubuntu op ntfs te installeren.