Dit komt voor als je iets te intens je systeem aan je eigen smaak hebt aangepast, door softwarebronnen van derden te gebruiken.
Daar is op zich niets mis mee: je hebt de vrijheid dit te doen. De aanpassingen die door derde softwarebronnen gemaakt worden, zijn soms niet onomkeerbaar. In dat geval kan je je systeem niet meer opwaardeeren via de Ubuntu repo's, maar moet je een verse installatie doen.
Ik zou hier dus niet veel verder zoeken, maar meteen een verse installatie doorvoeren.