Als je de foto's hebt overgezet van de ene shotwell naar de andere, dan heb je inderdaad de labels niet mee. Die zitten in een sqlite databank waarmee shotwell de gegevens van je fotos bijhoudt. Ik vind dat een nadeel van die fotobeheerprogramma's.
In Ubuntu 13.10 is deze databank ~/.local/share/shotwell/data/photo.db. Als je de photo.db van je vorige versie kan kopiƫren naar die locatie, dan heb je je tags terug, tenminste, als het databankformaat ondertussen niet gewijzigd is. Als dat wel zo zou zijn, dan is er een goede kans dat shotwel dat herkent en de databank kan omzetten naar het nieuwe formaat.