Dan zit het probleem dus in lmms. Gelet op het feit dat je daar aan 100.000 knoppen kunt draaien zou het kunnen dat er ergens eentje verkeerd staat. Als ik jou was maar dat ben ik niet, dan zou ik lmms verwijderen, inclusief configuratiebestanden, en 'm dan weer opnieuw installeren.
Maar kijk eerst even of het geen PulseAudio-, ALSA- of Jack-probleem is (Audio-instellingen -> Audio-interface), ik heb daar vaker mee geworsteld, instellingen van de ene kan de werking van een andere verstoren.