Unity is voor het ogenblik zeer "monolytisch" en geeft weinig configuratieopties.
Wat wellicht wel werkt, is enkel de .desktop bestanden in /usr/share/applications/ laten staan waarvan je wil dat alle gebruikers ze kunnen gebruiken. Alle andere plaats je dan lokaal (/home/$USER/.local/share/applications/), zodat ze alleen onder jou account beschikbaar zijn.