Je kan scripts in /etc/rc.local zetten, deze worden uitgevoerd na het opstarten.
Je kan dan zoiets zetten als:
su <gebruikersnaam> -c 'pushd <map-waar-minecraft-staat>; java -jar minecraft.jar 2>&1 >/dev/null &; popd'
Anders kan je ook een rc-script maken in /etc/init.d, maar daar kan ik je helaas niet mee helpen aangezien Ubuntu het upstart-systeem gebruikt, waar ik niet zo goed mee kan werken (ik geloof dat er in /etc/init.d/ ofwel een README-file staat, ofwel een skeleton-bestand dat als voorbeeld dient om een script te maken)
UPDATE: Om via een andere computer te verbinden met je server kan je SSH gebruiken. De ssh-client komt standaard voorgeïnstalleerd met Mac, dus dat is geen probleem. Om een ssh-server te maken is het voldoende om het pakket openssh-server te installeren op Ubuntu. De standaardconfiguratie van openssh-server werkt direct out-of-the-box; hier moet niets meer aan gewijzigd worden. Om te verbinden, moet je in de terminal van de client het volgende typen:
ssh <gebruiker>@<hostnaam>
Nu zal je wachtwoord gevraagd worden en krijg je een shell.