Die "~/.config/user-dirs.dirs" maakt van enkele folders "speciale" folders. Enkel als er iets met die folders gebeurt (vb wissen, dan terug plaatsen) kan het gebeuren dat ze hun "speciaal" statuut verliezen. Voor de Desktop betekent dat dan dat de sleutel teruggezet wordt tot
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME"
en het resultaat is dat de inhoud van je Home nu op de desktop getoond wordt. Dat kan gecorrigeerd worden door terug de juiste Desktop folder aan te geven. (Timeshift helpt ook, natuurlijk, maar dan wordt alles, niet alleen dit ene detail, teruggedraaid).
Kortom, als het niet goed meer werkt, is het door een ingreep van de gebruiker.