Ik heb al gevonden waardoor het komt, het is alleen niet op te lossen zonder het forum een stuk trager te maken.
De oorzaak is dat we in de webserver de "expires" en "cache-control" headers aan hebben gezet. Die vertellen je browser welke onderdelen van een pagina gecached mogen worden. Zo kunnen alle onderdelen die weinig gebruikt worden direct uit je cache komen terwijl alleen de onderdelen die vaak veranderen opnieuw opgevraagd worden. Zo worden alle plaatjes, javascript, css enz. gecached en alle tekstinhoud van het forum niet.
De reden dat we dit aangezet hebben is omdat er bij HTTPS bij ieder verzoek meerdere pakketjes heen en weer gestuurd moeten worden tussen je browser en de server om de versleuteling te regelen. Dus hoe minder verzoeken er verstuurd worden, hoe sneller de pagina op je scherm staat.
De forumsoftware voegt zelf bij een aantal pagina's de headers toe die zeggen dat die pagina niet gecached mag worden. Dit gebeurt bij de index.php (waar ook de ongelezen berichten vandaan komen bijv.) en bij bijv. je persoonlijke berichten. Ga je dan terug in je browser dan komt die pagina niet uit de cache (want dat mocht niet van SMF), dus vraagt hij hem opnieuw op. Dat is de reden dat je juist gelezen topic uit het overzicht verdwijnt.
De enige manier om dit op te lossen is om de cache-headers helemaal uit te zetten. Dit lost het ene probleem op, maar zorgt er ook voor dat je bij iedere pagina een seconde of wat langer moet wachten tot hij op je scherm staat.