Ah, als de OP idd. Nemo gebruikt, is het eenvoudig. Start dat programma, ga in het menu naar Bewerken - Voorkeuren, tabje Gedrag. Daar kun je een en ander aangeven. Testje wijst uit dat als de eerste optie staat AANgevinkt (Vraag bevestiging voor het legen van de Prullenbak *of het verwijderen van bestanden*), dan gebeurt dat laatste kennelijk niet. Bestand gaat direct de prullenbak in, dus misschien is dit een klein foutje.
Niettemin worden ze wel in de prullenbak gemikt, dus daar kun je ze altijd weer uitvissen. Maar dat was OP's vraag niet.
OP, overweeg ook om PCManFM te installeren, dat is ook een lichtgewicht (maar prima) bestandsbeheerder die wél vraagt als je op Del drukt of het bestandje echt naar de vullis toe moet.