Windows verkiest inderdaad om op de eerste schijf te staan.
De oplossing is simpel. Dit kun je in je BIOS veranderen. Zorg gewoon dat de schijf waar Windows op geïnstalleerd is ingesteld staat als " Master ". En sla die instellingen op ( vaak iets als "Exit saving changes " ).
Waarschijnlijk denkt Windows nu dat hij op de eerste schijf staat.