Is dat programma dat vanuit Github komt een .deb pakket? Of wordt er tijdens het compileren een .deb gemaakt die je installeert?
Zo ja, dan zou je die een hogere versie moeten geven dan wat er in de repo zit.
Zo niet, dan zou dat programma helemaal geen invloed hebben op het pakketsysteem. Volgens het pakketsysteem is dat programma dan helemaal niet geïnstalleerd en zou je er dus ook geen updates van moeten krijgen.