Er is geen 'algemene' procedure om een zelf gecompileerd programma terug te verwijderen. Het hangt ervan af waar het "make install" commando de gecompileerde binaries naar toe kopieert. Hoe een en ander verloopt, wordt normaal wel gedocumenteerd in leesmij bestanden bij de broncode. Soms is er zelfs een script om de installatie ongedaan te maken.