Om eerst te kunnen rechtsklikken op een map moet ie wel eerst een lijstje met mapjes hebben, natuurlijk...
Doe daarvoor ALT+F2, tik in het venster "nautilus" (zonder aanhalingstekens) en druk ENTER.
Je moet dus echt wel gaan via Eigenschappen, niet gewoon direct kiezen voor "openen met". Op deze manier (via eigenschappen) zal hij het voortaan altijd doen met nautilus en voor alle mappen. Je kan dus in je lijstje met mappen op een willekeurig niveau een willekeurige map aanklikken.
Alleen vrees ik dat dit niet de oplossing is voor het probleem: er is blijkbaar iets mis met de vermelding van het gebruikte programma in het menu-item "Locaties".
Edit: doe eens in de terminal
grep directory /etc/gnome/defaults.list
en post dat hier, er zou iets moeten staan, zoals:
inode/directory=nautilus-folder-handler.desktop
x-directory/normal=nautilus-folder-handler.desktop
Je kan het zelf aanpassen met, alweer in de terminal,
gksu gedit /etc/gnome/defaults.list
en dan in de tekstverwerker die zich opent de desbetreffende regels vervangen door hetgeen hier net boven staat. Opslaan en sluiten.