Je kan het altijd verwijderen. Als er andere programma's op je systeem het nog gebruiken, zal je hiervan melding krijgen. Zijn dat programma's die je gebruikt, dan zal je de verwijderprocedure moeten afbreken. Bij mij blijkt enkel gnome-subtitles van mono gebruik te maken. Standaard komt mono wellicht niet eens meer mee met Ubuntu. Je kan dus zeker geen Ubuntu systeemcomponenten breken door mono te verwijderen.
Zoals erik1984 zegt, eigenlijk is het aan-of afwezig zijn van die mono libraries niets om je ook maar enigszins zorgen over te maken. Het kan je zo een 24 MB aan schijfruimte schelen, mocht het er echt op aankomen.