Dat komt dan wellicht door de umask. umask is geen permanente instelling. Na een herstart is je standaard umask weer geldig. Bestanden/folders die dan worden aangemaakt, krijgen weer de standaard permissies, rw voor de gebruiker maar enkel lezen voor de groep (standaardinstellingen onder Ubuntu).
De standaard umask instelling kan je aanpassen, hetzij systeembreed door het umask commando toe te voegen aan /etc/profile, hetzij per gebruiker in ~/.profile.