In de laatste versie van Thunderbird zie ik de handiige optie "laat email op server" bij acounts niet meer.
Het verschil tussen IMAP en POP3 is, dat je IMAP-mails feitelijk op de server van je provider staan en een mailprogramma zoals Thunderbird dan alleen een soort afstandsbediening is om deze mails te laten zien.
Bij POP3 heb je de keuze of je mails door het lezen/downloaden op de server laat staan of dat deze "verschoven" worden van de mailserver van je provider naar een locale harde schijf in de map ~/.thunderbird.
Voordeel van POP3:
Je kan de mailserver van je provider zien als een externe back-up van alle mails. Gaat je pc stuk, staan de mails nog steeds op de mailserver van je provider als je "op der server laten staan" aan hebt staan.
Nadeel van POP3:
De mail-status (gelezen/beantwoord) wordt op elke pc afzonderlijk bijgehouden.
Voordeel van IMAP:
Je kan (de status van) een mail op meerdere pc's/notebooks op dezelfde manier zien (wel/niet gelezen, beantwoord/doorgestuurd).
Elke handeling aan een mail (bewerken, verschuiven etc.) wordt 1:1 zo uitgevoerd. Dat lijkt net op het bewerken van een bestand op de locale harde schijf.
Eigenlijk is dat "externe back-up"-verhaal dus ook van toepassing op IMAP, want de mails worden niet verwijderd tenzij je daartoe een opdracht geeft.
Nadeel van IMAP:
Ga je zo'n IMAP-mail wissen en "verschuiven naar de prullenbak/trash" staat niet aan, dan is het echt weg. (Bij sommige providers kan je overigens "een dag terug" gaan als je een eerdere staat van je mailbox wilt zien.)