Dat zou met dd kunnen.
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/schijf
/dev/schijf moet je dan vervangen door de betreffende schijf, bijvoorbeeld /dev/sda of /dev/hdb
Hiermee overschrijf je de complete schijf met nullen. Ik weet niet in hoeverre dit overeen komt met jouw plannen, maar het is wel een manier om de schijf echt compleet leeg te maken.